В 1929 году под лозунгом «Все за охрану здоровья трудящихся!» был проведён первый Северный краевой съезд аптечных работников.

Тогда же было создано Северное краевое Аптекоуправление, в которое входили Котласский, Коми, Вологодский и Архангельский филиалы.

В дальнейшем в его составе было 47 аптек, 4 склада, 7 аптекарских магазинов, 2 лаборатории.

11 ноября 1936 года создаётся аптечное объединение Архангельской губернии. В состав объединения входило 4 аптеки г. Архангельска, Шенкурская и Онежская аптеки, 4 магазина, аптечный склад. С этого времени зафиксировано образование государственного предприятия «Фармация».

В 1936 году был разработан обязательный ассортимент товаров, а так же организована областная аналитическая лаборатория в Архангельске.

Остро встает вопрос качества изготовления лекарств. В аптеках организуются аналитические столы для проведения простейших химических анализов.

В 1936 году организована областная аналитическая лаборатория в Архангельске, в 1939 году открывается лаборатория в Котласе. К 1940 году количество аптек в Архангельской области увеличилось до 44.

Великая Отечественная война - особая страница в истории аптечного дела области.

С начала войны по всей сети был изменён порядок расходования медикаментов.

В 1942 году, по инициативе аптекоуправления организуется производство жидкого гематогена, печёночного экстракта, витамина С из шиповника и хвои, инвертного сахара и др. В первую очередь имеющиеся запасы были направлены на снабжение госпиталей, частей Красной Армии и лечебных учреждений.

С 2011 года по сегодняшний день на предприятии работает около 900 квалифицированных специалистов, большинство из которых выпускники ГБОУ СПО «Архангельский медицинский колледж» и ГБОУ ВПО «Северный государственный медицинский университет».

В ноябре 2012 года к ГУПАО «Фармация» присоединено ГУП «Контлинз». В результате объединения появилось 8 новых отделов оптики «Фармация» в городах: Архангельск, Северодвинск, Котлас, Мирный и в поселке Плесецк.

Деятельность подразделения «Контлинз» включает в себя консультации врачей-офтальмологов, производство контактных линз и очков корригирующих.

В августе 2013 года открыли свои двери первые "Аптеки низких цен"– это новая форма предоставления Архангелогородцам и жителям области фармацевтических услуг по доступным ценам.

Ориентация на запросы покупателей, социальная ответственность – всегда были и остаются основными приоритетами в работе ГУПАО «Фармация».

Так же в ноябре 2013 года был открыт отдел медицинской одежды, где медицинские работники и студенты могут приобрести медицинскую одежду.